O jogo inicia seus acontecimentos quase imediatamente depois do fim do jogo anterior, quando o Dr. Nitrus Brio explodiu a estação espacial de Córtex. Um de seus pedaços cai na Terra, explodindo um templo antigo, o que liberta uma entidade do mal, uma máscara negra com poderes sobrenaturais. Enquanto isso, os Bandicoots estão em sua casa, cuidando de seus afazeres, mas, ao escutar a risada maligna da entidade recém-libertada, Aku Aku chama todos os Bandicoots para dentro de casa. Em outra parte, por enquanto desconhecida, a entidade (cujo nome é revelado ser Uka Uka) reclama com Córtex, dizendo que falhou com ele duas vezes, e que, devido à sua incompetência, todos os cristais e diamantes se perderam no contínuo espaço-tempo. Mas então, introduz o viajante do tempo Dr. Nefasto Tropy, o criador da estrutura (cujo nome é Tornado Temporal). Na casa dos Bandicoots, Aku Aku explica que Uka Uka é seu irmão gêmeo do mal, e que ele o aprisionou para poupar o mundo de sua maldade e que agora deve ser detido, e então leva os Bandicoots para o Tornado Temporal para que isso aconteça. Crash Bandicoot é mais uma vez o personagem principal e Aku Aku desempenha uma função maior, falando pela primeira vez. A irmã mais nova de Crash, Coco Bandicoot, se torna jogável pela primeira vez. Apesar de não ter muitas habilidades, é geralmente ela quem opera as máquinas do jogo, tendo só para ela um jet-ski, um avião chamado "Rainha dos Céus" e um animal de montaria (o tigre Pura). Crash também possui um avião (chamado de "Barão Laranja"), um novo animal de montaria (Baby T, um filhote de tiranossauro) e uma motocicleta. Os vilões que retornam são Córtex, N. Gin e Pequeno Tigre e os novatos são Dingodilo (uma mistura de dingo com crocodilo) e o já mencionado Dr. Nefasto Tropy. Tempo depois Córtex cai no núcleo do Tornado. Uka Uka voa na direção de Córtex. De repente, uma grande esfera negra aparece, sugando Córtex, N. Tropy e Uka Uka para o contínuo espaço-tempo, o que transforma Córtex e Tropy em bebês, que duelam pela possessão de Uka Uka. O jogo termina então com Aku Aku alegando que não sabe ao certo o que aconteceu com seus inimigos, mas sabe que não irão vê-los por um bom tempo. E isso é o final secreto do jogo.